Nadat de Noor Jan Thomas vele jaren in de gevangenis heeft doorgebracht voor de moord op een kleuter weet hij redelijk succesvol een bestaan voor zichzelf op te bouwen. Al die jaren heeft Jan Thomas volgehouden dat niet hij, maar twee oudere jongens de moord hebben gepleegd, alleen zijn zij nooit schuldig bevonden – en hij wel. De vermeende moordenaar mag dankzij zijn muzikale talent in dienst treden als organist bij een kerk. Hij sluit vriendschap met mensen in en rondom de kerk en het nare verleden lijkt vergeten.

Als op een dag echter de moeder van de vermoorde kleuter in de kerk komt, herkent zij Jan Thomas meteen. Vol afschuw ziet zij de man die haar leven verwoest heeft vrolijk achter een orgel zitten. Zij vindt het niet eerlijk dat hij weer een leven heeft terwijl zij dat nooit meer zal hebben. De vrouw ontwikkelt vervolgens een obsessie voor Jan Thomas.

Terwijl deze film in de eerste plaats een verhaal vertelt over vergevingsgezindheid, is er voor de kijker daarnaast nog de vraag of Jan Thomas nou wel of niet schuldig is. Dit kan veel, zoniet alles, uitmaken in hoe de kijker het hoofdpersonage ziet. Maar regisseur Erik Poppe en hoofdrolspeler Pal Sverre Valheim Hagen geven dit niet zomaar weg. Qua thematiek vertoont 'Troubled Water' overeenkomsten met de Britse drama film 'Boy A' uit 2007.